Boyu orta, rengi kırmızı, sakalı az ve bazı yerleri beyaz idi. Her zaman uzlet ve riyazeti tercih ederdi. Az yer, az uyur, az konuşur, gece-gündüz Kur’an-ı kerim’le meşgul olurdu.
Gençliğinde Afganistan’ın Kabil şehrinden Semerkant’a hicret etmişlerdir. İlme, Takvaya rağbet eder, zahir batın ilimlerini tatbik eylerdi. Cezbe ve Allah aşkı ile dolu idi. Ahlakı çok güzel idi. Çok halli idiler. Hace Muhammed Bahaeddin Nakşibend (k.s) ve Hace Ubeydullah Ahrar (k.s) hazretlerinin ruhaniyetlerinden çok istifade etmişler, feyzlerini arttırmışlardır. Onun için kendilerine Üveysi de denilirdi. Silsilede emaneti Hacegi İmkenegi Hazretlerinden, manen de Şah-ı Nakşibend ve Ubeydullah Ahrar Hazretlerinden almışlardır. ‘‘Hakkın mazharı’’ diye anılırlar.
Kendileri anlatır : Nihâyet rüyâda, Behâeddîn Buhârî Nakşibend hazretlerinin huzûrunda tam bir tövbe yaptım. Bundan sonra bende tasavvuf yoluna girmek arzusu âşikâr oldu. Bu yola girmek için her çâreye başvurdum. Nihâyet mübârek zâtlardan biri bana; “Peygamber efendimizden gelen zikr, neticeye kavuşturur.” dedi. Bütün gayretimle bu sözü söyleyen zâttan zikri ve murâkabeyi almak için uğraştım. İki sene o zâtın silsilesindeki zikre, murâkabeye ve tesbihlere devâm ettim. Her ne kadar bu sırada gizli işâretler, diğer bir yola girmeyi gösterdiyse de, ayaklarımı yerden kaldıramadım. Böylece nefsi yenip gönül bahçeme, Allahü Teâlâ’nın izni ile büyüklerin kerem tohumunu ektim. İnşâallah o tohumu, ikrâm ve ihsân edip, gözlerin görmediği, kulakların işitmediği nehirlerle beslerler. Bundan sonra Keşmîr’e gittim ve Bâbâ Vâli’nin sohbetine devâm edip, bereketli nazar ve teveccühlerine kavuştum. Cenâb-ı Hakk’a hamd ve senâlar olsun ki, o teveccühler ile kabûl kapısı aralandı. Onun vefâtından sonra da velîlerin ruhlarından feyz aldım.
Muhammed Bâkîbillah hazretleri, Mâverâünnehr şehirlerinden birine giderken, Mevlânâ Hâcegî İmkenegî (k.s) hazretleri; “Ey oğul, senin yolunu gözlüyordum!” buyurmasıyla, onun huzûruna kavuşup, çok yardım ve ihsânlar gördü. Mürşidi onun yüksek hâllerini dinledikten sonra, üç gün üç gece onunla birlikte yalnız bir odada sohbet etti. Hâcegî İmkenegî (k.s) hazretlerinin sohbetlerinde bulunmakla ve Hz. Behâeddîn Nakşibend (k.s) nun ve halîfelerinin yüksek rûhâniyetlerinin imdâdı ile, bu büyükler silsilesine dâhil olup, Hâcegî İmkenegî (k.s) hazretlerinin halîfesi olup makâmına geçti.
Hacegî İmkenegî hazretleri, Muhammed Bâkîbillah’ı kısa zamanda tasavvufta yetiştirip, yüksek derecelere kavuşturduktan sonra ona şöyle buyurdu: “Sizin işiniz, Allahü Teâlâ’nın yardımı ve bu yolun büyüklerinin rûhlarının terbiyesi ile tamam oldu. Tekrar Hindistan’a gidiniz. Çünkü bu silsile-i aliyyenin sizin sâyenizde parlayacağını görüyorum. Bereket ve terbiyenizle orada, sizden çok istifâde edip, büyük işler yapanlar gelecek.” Böylece ikinci bin yılının müceddidi İmâm-ı Rabbânî (k.s) hazretlerinin orada yetişeceğini müjdeliyordu.
Hâcegî İmkenegî hazretlerinin, Muhammed Bâkîbillah hazretlerine hilâfet ve tam bir icâzet verip, Hindistan’a gönderdiğini duyan talebelerinden bâzıları gayrete gelip, aralarında bir huzursuzluk hâsıl oldu. Kendileri uzun müddet orada oldukları için yeni gelen bir gencin kısa zamanda tam bir icâzetle dönmesi onları düşündürmüştü. Hâcegî İmkenegî hazretleri bu durumu duyunca şöyle buyurmuştur: “Dostlarım bilsinler ki, bu gencin işini tamamlayıp buraya bizim yanımıza gönderdiler. Yanımıza hâllerinin doğru olup olmadığını kontrol için geldi. Şüphesiz öyle gelen böyle gider.”
Muhammed Bâkîbillah (k.s) hazretleri hocasının emriyle Hindistan’a gidip, bir sene Lâhor’da kaldı. Oradaki âlimler ve fâdıllar onun sohbetine gelip, istifâde ettiler. Sonra Delhi’ye gidip, vefâtına kadar orada kalıp, insanlara doğru yolu anlattı. İki-üç sene gibi kısa bir müddet irşâd makâmında bulunmasına rağmen, pekçok âlim ve velî yetiştirdi. Onun yetiştirdiği büyüklerin başında, kendisinden sonra halîfesi olan, hicrî ikinci bin yılının müceddidi, İslâm âlimlerinin gözbebeği İmâm-ı Rabbânî Ahmed Fârûkî Serhendî (k.s) gelir. İmâm-ı Rabbânî (k.s) hazretleri yetişip kemâle gelince, Muhammed Bâkîbillah (k.s) hazretleri bütün talebesinin yetiştirilmesini ona bıraktı. Hâce Ubeydullah ve Hâce Muhammed Abdullah adında iki oğlu vardı. Bunların da yetiştirilmesini İmâm-ı Rabbânî hazretlerine bıraktı. İmâm-ı Rabbânî hazretlerinin Mektûbât’ında onlara yazılmış mektupları vardır. Oğulları tasavvufta yetişmiş kıymetli zâtlardandı.
Muhammed Bâkîbillah hazretlerinin annesi, evinde kendisine hizmet eden kadın hizmetçileri olduğu hâlde, dergâhın hizmetini kendisi görürdü. Hattâ tandıra bile ekmeği kendisi kor, pişirirdi. Yemekleri pişirip hazırlardı.Tâze ekmeği dergâhta bulunanlar için verir, kendisi kuru ekmek yerdi. Çoğu zaman bir kuru hasır üzerinde yatardı. Bir gün Muhammed Bâkîbillah (k.s) hazretleri, annesini güçsüz ve tâkatsiz bir hâlde görerek, dergâhın yemek pişirme işini bir başkasının yapmasını söyledi. Fakat annesi böyle bir hizmetten mahrûm kaldım diye ağlayarak; “Bilmiyorum, ne kabahatim oldu da, Allahü Teâlâ beni bu hizmetten mahrûm eyledi.Yaptığım en iyi iş, o fazîletli oğlum Muhammed Bâkîbillah’a ve talebelerine ekmek ve yemek pişirmek idi. Onu da benden aldılar.” dedi. Tevâzuunun, inkisârının, kırıklığının ve edebinin çokluğundan, bu durumu oğlu Muhammed Bâkîbillah hazretlerine açıklamadı. Annesinin bu ızdırâbı, Muhammed Bâkîbillah hazretlerine bildirilince, bir nîmet olan bu hizmeti tekrar annesine verdi.
“İlmini; makam, mevki ve övünmek için vesile eden âlimlerden, aslandan kaçar gibi kaçınız.”
“Bu yolun büyükleri son derece gayretli ve naziktir. Onların yolu, hiç eksiksiz Rasulullah’ın yoludur.”
“Rıza sahiplerine, belalar musibet değildir. Onlar belaları beğenmemezlik etmezler. Çünkü belaları veren yine Allahü Teâlâ’dır.”
“Sadıklar ve hakikate erenler söz birliği ile diyoruz ki: Sırat-u müstakim yani şaşmayan yol, Ehli Sünnet vel Cemaat yoludur.”
“Müslümanlık; yapmak, yaşamak, ahkâm-ı ilahiyeyi yerine getirmek demektir.”
“Sakın helal ve haramdan her bulduğunu korkusuzca yiyenlerden olma!Haram ve şüpheli bir lokma yememek için, çok gayret ve dikkat etmelidir.”
Her gece akşam namazından teheccüd namazına kadar Kur’an-ı Azimüşşan’ı hatmeyler sonra teheccüd namazını kılar, fecr-i sadıktan sonra sabah namazını eda eder, güneş doğuncaya kadar da Yasin-i Şerifi okurdu. Gün doğunca:
–Ya Rabbi! Geceler ne kadar süratle geçiyor derdi.
1014 H.de 41 yaşlarında iken Dehli’de vefat etmişlerdir.